Ο ΠΑΟΚ Κομοτηνής είναι ακαδημία που υφίσταται εδώ και καιρό στην Κομοτηνή και μέχρι στιγμής συνεργαζόταν με άλλα σωματεία της Ροδόπης για να διοχετεύει παίκτες του. Ωστόσο πλέον αποκτά αριθμό μητρώου και με αυτό το όνομα θα κατέβει στο ερασιτεχνικό πρωτάθλημα της ΕΠΣ Θράκης.
Η αναγνώριση του σωματείου ΠΑΟΚ Κομοτηνής είναι ανάμεσα στα θέματα της ημερήσιας διάταξης που θα συζητηθούν την Τετάρτη στην γενική συνέλευση της Ενωσης Ποδοσφαιρικών Σωματείων Θράκης, στην οποία έχουν κληθεί όλοι οι σύλλογοι που ανήκουν στην δύναμή της.
