Αν και ήταν γνωστό πώς η κλήρωση του Κυπέλλου Ερασιτεχνών θα γινόταν αυτήν την Πέμπτη 23 Μαρτίου, τελικά λόγω οτι πολλοί τελικοί θα γίνουν το προσεχές Σαββατοκύριακο 25-26/3 (ανάμεσά τους και στις ΕΠΣ Θράκης και Έβρου), δείχνει να πηγαίνει για την Τρίτη 28 του μηνός, όταν θα έιναι γνωστοί όλοι οι κυπελλούχοι σε όλες τις Ενώσεις.
Η συμμετοχή στο Κύπελλο Ερασιτεχνών είναι και προαιρετική αλλά όλα δείχνουν ότι οι ομάδες της Θράκης θα δηλώσουν συμμετοχή, όπως το έχει κάνει ήδη ο κυπελλούχος Ξάνθης Άρη Αβάτου που δήλωσε μάλιστα πως έχει στόχο την κατάκτησή του Κυπέλλου Ερασιτεχνών.
Η νικήτρια ομάδα της διοργάνωσης προβιβάζεται στη Γ΄ Εθνική Κατηγορία, εφόσον δεν είναι πρωταθλήτρια στην δική της ΕΠΣ. Αν είναι πρωταθλήτρια, τότε στη Γ΄ Εθνική Κατηγορία προβιβάζεται η φιναλίστ της διοργάνωσης, εφόσον και αυτή φυσικά δεν είναι πρωταθλήτρια της ανώτερης κατηγορίας της οικείας Ε.Π.Σ. Σε κάθε άλλη περίπτωση η ειδική αυτή διάκριση της διοργάνωσης δεν ισχύει, ούτε μεταφέρεται σε άλλη ομάδα, πλην των δύο φιναλίστ.
Από την ΕΠΟ έχει ήδη ανακοινωθεί ότι σε πρώτη φάση οι αγώνες θα διεξαχθούν με ομίλους βάσει γεωγραφικών κριτηρίων (οι κυπελλουχοι των τριών ΕΠΣ της Θράκης μετέχουν στον ίδιο γεωγραφικό όμιλο με τους κυπελλούχους των ΕΠΣ Καβάλας, Σερρών και Δράμας). Συνολικά, οι αγώνες του Κυπέλλου Ερασιτεχνικών Ομάδων, περιόδου 2016-2017, θα διεξαχθούν σε 7 αγωνιστικές. Αυτές έχουν ως εξής:
-1η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: Τετάρτη 05-04-2017
-2η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: Τετάρτη 12-04-2017
-3η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: Τετάρτη 19-04-2017
-4η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: Τετάρτη 26-04-2017
-5η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: Τετάρτη 03-05-2017
-6η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: Τετάρτη 10-05-2017
-7η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ: Σάββατο 20-05-2017 Τελικός Αγώνας
