Μετά την ολοκλήρωση των ομίλων του Κυπέλλου της ΕΠΣ Θράκης προέκυψαν οι οκτώ ομάδες που προχωρούν στην επόμενη φάση.
Από τον Α’ Όμιλο πέρασαν Μέγας Αλέξανδρος και Σπάρτακος Αγίων Θεοδώρου, από τον Β’ Όμιλο η Δόξα Γρατινής και ο ΠΑΟΚ Κοσμίου, από τον Γ’ Όμιλο η Δόξα Νέου Σιδηροχωρίου και η Δόξα Σώστη και από τον Δ’ Όμιλο η Ελπίδα Σαπών και η Δόξα Προσκυνητών.
Αξίζει να σημειωθεί ότι με βάση την προκήρυξη δεν υπάρχουν κριτήρια και περιορισμοί στην κλήρωση, όπως ισχυροί και αδύναμοι ή να μην παίξουν μεταξύ τους ομάδες που έπαιξαν στην προηγούμενη φάση στον ίδιο όμιλο. Για τον λόγο αυτόν υπάρχει ενδεχόμενο να κληρωθούν μαζί ομάδες που τερμάτισαν πρώτες στον όμιλό τους ή που ξανάπαιξαν μεταξύ τους.
Το σχετικό άρθρο της προκήρυξης για την τρίτη φάση του Κυπέλλου αναφέρει:
Θα λάβουν μέρος οκτώ (8) νικήτριες ομάδες που θα αναδειχθούν από τους αγώνες της προηγούμενης φάσης. Θα διεξαχθούν δύο (2) διπλοί αγώνες {εντός και εκτός έδρας}.Τα ζεύγη των ομάδων θα προκύψουν ύστερα από δημόσια κλήρωση χωρίς περιορισμούς στην κλήρωση. Η ομάδα που θα κληρωθεί πρώτη θα είναι και η γηπεδούχος στον 1ο αγώνα και φιλοξενούμενη στον 2ο αγώνα. Σε περίπτωση ισοβαθμίας (μετά τη λήξη του 2ουαγώνα) , προκρίνεται η ομάδα με τον καλύτερο συντελεστή τερμάτων (σε περίπτωση ίσου αριθμού τερμάτων τα γκολ εκτός έδρας λογίζονται διπλά), εάν και στην περίπτωση αυτή υπάρχει ισοβαθμία τότε δίνεται ημίωρος παράταση και σε περίπτωση ισόπαλου αποτελέσματος εφαρμόζεται η διαδικασία των πέναλτι. Παράγραφος 9 του άρθρου 20 του ΚΑΠ.
