Με την ολοκλήρωση το Σαββατοκύριακο της Α΄ Φάσης του κυπέλλου με τους αγώνες της πέμπτης αγωνιστικής, έγιναν γνωστές οι 16 ομάδες της Β΄ Φάσης.
Η κλήρωση για τις ομάδες αυτές θα γίνει την Τετάρτη 7 Σεπτεμβρίου στις 19:00 στα γραφεία της ΕΠΣ Ξάνθης, ενώ οι αγώνες της Β΄ Φάσης θα γίνουν σε απλές συναντήσεις νοκ-άουτ.
Αναλυτικά οι 16 ομάδες που συνεχίζουν στο θεσμό του κυπέλλου:
1. Αναγέννηση Θαλασσιάς
2. Εθνικός Κιμμερίων
3. Ασπίδα Ξάνθης
4. ΠΑΣ Φιλίων
5. Άρης Αβάτου
6. Κεντητή Ξάνθης
7. Αστέρας Μαγικού
8. Απόλλων Διομήδειας
9. Ηρακλής Νέου Ζυγού
10. Παύλος Μελάς Κουτσού
11. ΑΕ Ξάνθης
12. ΑΟ Βιστωνίδας
13. Απόλλων Ξάνθης
14. Ελπίδα Γενησέας
15. Εχίνος Σπορ
16. Νέστος Κύρνου
