Έγιναν γνωστές από την ΕΚΑΣΑΜΑΘ οι ομάδες που δήλωσαν συμμετοχή στο πρωτάθλημα των ανδρών για την αγωνιστική περίοδο 2016-17.
Συνολικά θα πάρουν μέρος 24 ομάδες, που σημαίνει ότι στην πρώτη φάση θα υπάρχουν δύο όμιλοι των 12 ομάδων με γεωγραφικά κριτήρια. Δεν δήλωσαν συμμετοχή ο ΚΑΟΔ και η Χρυσούπολη, υπάρχει όμως η Προσοτσάνη στη Δράμα, η οποία δεν συμμετείχε στο περσινό πρωτάθλημα. Οι τέσσερις πρώτοι κάθε ομίλου παίρνουν την πρόκριση για τη δεύτερη φάση.
Στη δεύτερη φάση τα ζευγάρια θα είναι Α1-Β4 (1), Α2-Β3 (2), Β2-Α3 (3) και Β1-Α4 (4), με την ομάδα που θα φτάνει στις δύο νίκες στις μεταξύ τους αναμετρήσεις να παίρνει την πρόκριση.
Η ημιτελική φάση και η τελική φάση θα διεξαχθούν σε ουδέτερη έδρα, πάλι με σύστημα Final Four. Τα ζευγάρια στα ημιτελικά θα είναι ο νικητής του ζευγαριού 1 με τον νικητή του ζευγαριού 3 και ο νικητής του ζευγαριού 2 με το νικητή του ζευγαριού 4. Οι ηττημένοι των ημιτελικών θα παίξουν στον μικρό τελικό, ενώ οι νικητές στον μεγάλο, με τον νικητή να αναδεικνύεται πρωταθλητής και να παίρνει την άνοδο στη Γ΄ Εθνική.
Λόγω των δηλώσεων συμμετοχής οι δύο όμιλοι που σχηματίζονται είναι οι εξής:
1ος Όμιλος (Δυτικός)
1. ΓΣ Ελευθερούπολης
2. ΑΣ Μακεδόνες Κρηνίδων
3. ΠΓΣ Παγγαίο
4. ΑΟ Προσοτσάνης
5. ΑΕ Δοξάτου Δράμας
6. ΑΣ Τιτάνες Δράμας
7. ΚΟ Απόλλων Δράμας
8. ΑΓΣ Δόξα Βώλακα
9. ΜΓΣ Πανσερραϊκός
10. ΑΟ Σερρών
11. ΑΟ Ηράκλειας
12. ΑΓΣ Ρούπελ Σιδηροκάστρου
2ος Όμιλος (Ανατολικός)
1. ΓΣ Φιλία Ορεστιάδας
2. ΓΑΣ Σπάρτακος Διδυμοτείχου
3. ΑΣΑ Έβρος Σουφλίου
4. ΓΑΣ Θύελλα Φερών
5. ΜΓΣ Εθνικός Αλεξανδρούπολης
6. ΑΟ Ολυμπιάδα Αλεξανδρούπολης
7. ΑΠΣ Αίας Κομοτηνής
8. ΑΣ Δημοκρίτειο Κομοτηνής
9. ΓΑΣ Αρίων Ξάνθης
10. ΑΟ Λεύκιππος Ξάνθη
11. ΓΑΣ Ηρακλής Αγ. Ιωάννη Καβάλας
12. Ακαδημία Πάνθηρες Καβάλας
