Εντός έδρας ξεκινάει τις αγωνιστικές του υποχρεώσεις ο ΓΑΣ Κομοτηνή, εκτός έδρας η ΑΕ Κομοτηνής στον 4ο Όμιλο της Γ΄ Εθνικής. Οι δύο ομάδες της Κομοτηνής πήραν κλειδάριθμο λόγω κοινής έδρας και θα αναμετρηθούν μεταξύ τους αρκετά νωρίς και συγκεκριμένα την 3η αγωνιστική.
Αναλυτικά το πρόγραμμα για ΓΑΣ και ΑΕ Κομοτηνής:
Α΄ ΓΥΡΟΣ
1η Αγωνιστική (16/10/2016): ΓΑΣ Κομοτηνή – Νέα Μουδανιά, Παναθλητικός – ΑΕ Κομοτηνής
2η Αγωνιστική (23/10/2016): Ζέφυρος – ΓΑΣ Κομοτηνή, ΑΕ Κομοτηνής – Νεάπολη
3η Αγωνιστική (30/10/2016): ΓΑΣ Κομοτηνή – ΑΕ Κομοτηνής
4η Αγωνιστική (06/11/2016): Αγία Βαρβάρα – ΓΑΣ Κομοτηνή, ΑΕ Κομοτηνής – Αστέρας Καβάλας
5η Αγωνιστική (13/11/2016): ΓΑΣ Κομοτηνή – Χαλκηδόνα, Μακεδονικός – ΑΕ Κομοτηνής
6η Αγωνιστική (20/11/2016): Μαντουλίδης – ΓΑΣ Κομοτηνή, ΑΕ Κομοτηνής – Ορφέας Ν. Σκοπού
7η Αγωνιστική (27/11/2016): ΓΑΣ Κομοτηνή – Ίκαροι Σερρών, Νέα Μουδανιά – ΑΕ Κομοτηνής
8η Αγωνιστική (04/12/2016): Παναθλητικός – ΓΑΣ Κομοτηνή, ΑΕ Κομοτηνής – Ζέφυρος
9η Αγωνιστική (11/12/2016): ΓΑΣ Κομοτηνή – Νεάπολη, Ιωνικός Ιωνίας – ΑΕ Κομοτηνής
10η Αγωνιστική (18/12/2016): ΓΑΣ Κομοτηνή – Ιωνικός Ιωνίας, Αγία Βαρβάρα – ΑΕ Κομοτηνής
11η Αγωνιστική (08/01/2017): Αστέρας Καβάλας – ΓΑΣ Κομοτηνή, ΑΕ Κομοτηνής – Χαλκηδόνα
12η Αγωνιστική (15/01/2017): ΓΑΣ Κομοτηνή – Μακεδονικός, Μαντουλίδης – ΑΕ Κομοτηνής
13η Αγωνιστική (22/01/2017): Ορφέας Ν. Σκοπού – ΓΑΣ Κομοτηνή, ΑΕ Κομοτηνής – Ίκαροι Σερρών
Β΄ ΓΥΡΟΣ
14η Αγωνιστική (29/01/2017): Νέα Μουδανιά – ΓΑΣ Κομοτηνή, ΑΕ Κομοτηνής – Παναθλητικός
15η Αγωνιστική (05/02/2017): ΓΑΣ Κομοτηνή – Ζέφυρος, Νεάπολη – ΑΕ Κομοτηνής
16η Αγωνιστική (12/02/2017): ΑΕ Κομοτηνής – ΓΑΣ Κομοτηνή
17η Αγωνιστική (19/02/2017): ΓΑΣ Κομοτηνή – Αγία Βαρβάρα, Αστέρας Καβάλας – ΑΕ Κομοτηνής
18η Αγωνιστική (05/03/2017): Χαλκηδόνα – ΓΑΣ Κομοτηνής, ΑΕ Κομοτηνής – Μακεδονικός
19η Αγωνιστική (12/03/2017): ΓΑΣ Κομοτηνή – Μαντουλίδης, Ορφέας Ν. Σκοπού – ΑΕ Κομοτηνής
20η Αγωνιστική (29/03/2017): Ίκαροι Σερρών – ΓΑΣ Κομοτηνή, ΑΕ Κομοτηνής – Νέα Μουδανιά
21η Αγωνιστική (02/04/2017): ΓΑΣ Κομοτηνή – Παναθλητικός, Ζέφυρος – ΑΕ Κομοτηνής
22η Αγωνιστική (19/04/2017): Νεάπολη – ΓΑΣ Κομοτηνή, ΑΕ Κομοτηνής – Ιωνικός Ιωνίας
23η Αγωνιστική (30/04/2017): Ιωνικός Ιωνίας – ΓΑΣ Κομοτηνή, ΑΕ Κομοτηνής – Αγία Βαρβάρα
24η Αγωνιστική (07/05/2017): ΓΑΣ Κομοτηνή – Αστέρας Καβάλας, Χαλκηδόνα – ΑΕ Κομοτηνής
25η Αγωνιστική (14/05/2017): Μακεδονικός – ΓΑΣ Κομοτηνή, ΑΕ Κομοτηνής – Μαντουλίδης
26η Αγωνιστική (21/05/2017): ΓΑΣ Κομοτηνή – Ορφέας Ν. Σκοπού – Ίκαροι Σερρών – ΑΕ Κομοτηνής